MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. Ty2 chromosome

Total Repeats: 83562

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004631	CAC	3	9	204	212	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	29140544
2	NC_004631	ACC	2	6	217	222	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	29140544
3	NC_004631	CGG	2	6	354	359	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	29140545
4	NC_004631	ACCA	2	8	466	473	50 %	0 %	0 %	50 %	29140545
5	NC_004631	TGG	2	6	476	481	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	29140545
6	NC_004631	GAT	2	6	483	488	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29140545
7	NC_004631	A	6	6	491	496	100 %	0 %	0 %	0 %	29140545
8	NC_004631	CGG	2	6	501	506	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	29140545
9	NC_004631	T	6	6	545	550	0 %	100 %	0 %	0 %	29140545
10	NC_004631	GC	3	6	575	580	0 %	0 %	50 %	50 %	29140545
11	NC_004631	CTG	2	6	664	669	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	29140545
12	NC_004631	CGC	2	6	693	698	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	29140545
13	NC_004631	A	6	6	716	721	100 %	0 %	0 %	0 %	29140545
14	NC_004631	GATC	2	8	777	784	25 %	25 %	25 %	25 %	29140545
15	NC_004631	CTG	2	6	796	801	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	29140545
16	NC_004631	CGC	2	6	858	863	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	29140545
17	NC_004631	TGG	2	6	932	937	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	29140545
18	NC_004631	CCG	3	9	965	973	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	29140545
19	NC_004631	GCC	2	6	979	984	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	29140545
20	NC_004631	CTG	2	6	999	1004	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	29140545
21	NC_004631	CT	3	6	1105	1110	0 %	50 %	0 %	50 %	29140545
22	NC_004631	CGA	2	6	1233	1238	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29140545
23	NC_004631	AAC	2	6	1273	1278	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29140545
24	NC_004631	GAT	2	6	1317	1322	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29140545
25	NC_004631	GGC	2	6	1329	1334	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	29140545
26	NC_004631	CGC	2	6	1344	1349	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	29140545
27	NC_004631	GGT	2	6	1371	1376	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	29140545
28	NC_004631	TCC	2	6	1390	1395	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	29140545
29	NC_004631	TG	3	6	1417	1422	0 %	50 %	50 %	0 %	29140545
30	NC_004631	GC	3	6	1436	1441	0 %	0 %	50 %	50 %	29140545
31	NC_004631	CCG	2	6	1446	1451	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	29140545
32	NC_004631	GCT	2	6	1491	1496	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	29140545
33	NC_004631	TGT	2	6	1536	1541	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29140545
34	NC_004631	TTC	2	6	1582	1587	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29140545
35	NC_004631	AATATC	2	12	1606	1617	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	29140545
36	NC_004631	TCT	2	6	1636	1641	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29140545
37	NC_004631	TGG	2	6	1658	1663	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	29140545
38	NC_004631	ACG	2	6	1670	1675	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29140545
39	NC_004631	CCA	2	6	1679	1684	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	29140545
40	NC_004631	CGG	2	6	1755	1760	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	29140545
41	NC_004631	CGG	2	6	1764	1769	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	29140545
42	NC_004631	GAA	2	6	1809	1814	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29140545
43	NC_004631	GCG	2	6	1838	1843	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	29140545
44	NC_004631	ATC	2	6	1967	1972	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29140545
45	NC_004631	TTG	2	6	1988	1993	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29140545
46	NC_004631	TCG	2	6	2086	2091	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	29140545
47	NC_004631	ACT	2	6	2096	2101	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29140545
48	NC_004631	CGC	3	9	2118	2126	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	29140545
49	NC_004631	CTG	2	6	2200	2205	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	29140545
50	NC_004631	TGA	2	6	2214	2219	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29140545
51	NC_004631	CT	3	6	2254	2259	0 %	50 %	0 %	50 %	29140545
52	NC_004631	TC	3	6	2292	2297	0 %	50 %	0 %	50 %	29140545
53	NC_004631	GC	3	6	2314	2319	0 %	0 %	50 %	50 %	29140545
54	NC_004631	CG	3	6	2345	2350	0 %	0 %	50 %	50 %	29140545
55	NC_004631	GAC	2	6	2512	2517	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29140545
56	NC_004631	GCC	2	6	2524	2529	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	29140545
57	NC_004631	TGA	2	6	2547	2552	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29140545
58	NC_004631	AGGTA	2	10	2553	2562	40 %	20 %	40 %	0 %	29140545
59	NC_004631	ATT	2	6	2684	2689	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29140545
60	NC_004631	TGC	2	6	2708	2713	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	29140545
61	NC_004631	ATG	2	6	2732	2737	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29140545
62	NC_004631	CGG	3	9	2741	2749	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	29140545
63	NC_004631	AGC	2	6	2917	2922	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29140546
64	NC_004631	GCC	2	6	2968	2973	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	29140546
65	NC_004631	A	7	7	3060	3066	100 %	0 %	0 %	0 %	29140546
66	NC_004631	CGT	2	6	3106	3111	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	29140546
67	NC_004631	CGC	2	6	3112	3117	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	29140546
68	NC_004631	ATGA	2	8	3128	3135	50 %	25 %	25 %	0 %	29140546
69	NC_004631	GCA	2	6	3207	3212	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29140546
70	NC_004631	TGA	2	6	3258	3263	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29140546
71	NC_004631	GAA	2	6	3266	3271	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29140546
72	NC_004631	ATT	2	6	3278	3283	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29140546
73	NC_004631	CAG	2	6	3287	3292	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29140546
74	NC_004631	TGA	2	6	3304	3309	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29140546
75	NC_004631	ATTGC	2	10	3396	3405	20 %	40 %	20 %	20 %	29140546
76	NC_004631	GCC	2	6	3464	3469	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	29140546
77	NC_004631	TGA	2	6	3474	3479	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29140546
78	NC_004631	CG	4	8	3503	3510	0 %	0 %	50 %	50 %	29140546
79	NC_004631	GC	3	6	3558	3563	0 %	0 %	50 %	50 %	29140546
80	NC_004631	CGG	2	6	3705	3710	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	29140546
81	NC_004631	AGT	2	6	3718	3723	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29140546
82	NC_004631	CAG	2	6	3809	3814	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29140547
83	NC_004631	T	8	8	3819	3826	0 %	100 %	0 %	0 %	29140547
84	NC_004631	TGA	2	6	3862	3867	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29140547
85	NC_004631	GCA	2	6	3937	3942	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29140547
86	NC_004631	CG	3	6	3962	3967	0 %	0 %	50 %	50 %	29140547
87	NC_004631	CGG	2	6	4060	4065	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	29140547
88	NC_004631	GCG	2	6	4098	4103	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	29140547
89	NC_004631	CGGCG	2	10	4144	4153	0 %	0 %	60 %	40 %	29140547
90	NC_004631	GTC	2	6	4190	4195	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	29140547
91	NC_004631	CG	3	6	4206	4211	0 %	0 %	50 %	50 %	29140547
92	NC_004631	GGC	2	6	4253	4258	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	29140547
93	NC_004631	TGA	2	6	4324	4329	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29140547
94	NC_004631	GAA	2	6	4331	4336	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29140547
95	NC_004631	GCC	2	6	4383	4388	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	29140547
96	NC_004631	CTA	2	6	4405	4410	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29140547
97	NC_004631	CTG	2	6	4502	4507	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	29140547
98	NC_004631	CGC	2	6	4543	4548	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	29140547
99	NC_004631	GATG	2	8	4633	4640	25 %	25 %	50 %	0 %	29140547
100	NC_004631	CAGC	2	8	4642	4649	25 %	0 %	25 %	50 %	29140547
101	NC_004631	GGA	2	6	4669	4674	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	29140547
102	NC_004631	CCG	2	6	4681	4686	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	29140547
103	NC_004631	CTGA	2	8	4700	4707	25 %	25 %	25 %	25 %	29140547
104	NC_004631	GCG	2	6	4718	4723	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	29140547
105	NC_004631	ACA	2	6	4741	4746	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29140547
106	NC_004631	GCG	2	6	4793	4798	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	29140547
107	NC_004631	AAAG	2	8	4880	4887	75 %	0 %	25 %	0 %	29140547
108	NC_004631	CAT	2	6	4964	4969	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29140547
109	NC_004631	CTGC	2	8	4970	4977	0 %	25 %	25 %	50 %	29140547
110	NC_004631	GCC	2	6	4985	4990	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	29140547
111	NC_004631	ATG	2	6	5003	5008	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29140547
112	NC_004631	TG	3	6	5148	5153	0 %	50 %	50 %	0 %	29140548
113	NC_004631	TCA	2	6	5163	5168	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29140548
114	NC_004631	AAT	2	6	5228	5233	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29140548
115	NC_004631	TCA	2	6	5242	5247	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29140548
116	NC_004631	CG	3	6	5251	5256	0 %	0 %	50 %	50 %	29140548
117	NC_004631	T	6	6	5258	5263	0 %	100 %	0 %	0 %	29140548
118	NC_004631	ACC	2	6	5277	5282	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	29140548
119	NC_004631	TCA	2	6	5301	5306	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29140548
120	NC_004631	TTC	2	6	5340	5345	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29140548
121	NC_004631	CAC	3	9	5384	5392	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	29140548
122	NC_004631	CG	3	6	5470	5475	0 %	0 %	50 %	50 %	29140548
123	NC_004631	AG	3	6	5552	5557	50 %	0 %	50 %	0 %	29140548
124	NC_004631	TGT	2	6	5568	5573	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29140548
125	NC_004631	CAAAAT	2	12	5578	5589	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	29140548
126	NC_004631	CGT	2	6	5593	5598	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	29140548
127	NC_004631	GCG	2	6	5755	5760	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	29140548
128	NC_004631	GCT	2	6	5788	5793	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	29140548
129	NC_004631	AATCAG	2	12	5873	5884	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	29140548
130	NC_004631	CG	3	6	5971	5976	0 %	0 %	50 %	50 %	29140549
131	NC_004631	ACC	2	6	6096	6101	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	29140549
132	NC_004631	CAA	2	6	6110	6115	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29140549
133	NC_004631	A	6	6	6266	6271	100 %	0 %	0 %	0 %	29140549
134	NC_004631	CGA	2	6	6301	6306	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29140549
135	NC_004631	CAG	2	6	6437	6442	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29140549
136	NC_004631	ATC	2	6	6447	6452	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29140549
137	NC_004631	GAT	2	6	6467	6472	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29140549
138	NC_004631	ACG	2	6	6535	6540	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29140549
139	NC_004631	GCCA	2	8	6664	6671	25 %	0 %	25 %	50 %	29140549
140	NC_004631	GGCG	2	8	6790	6797	0 %	0 %	75 %	25 %	29140549
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144	NC_004631	CGA	2	6	6940	6945	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29140549
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150	NC_004631	CCGCG	2	10	7184	7193	0 %	0 %	40 %	60 %	29140549
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157	NC_004631	CAG	2	6	7845	7850	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29140550
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159	NC_004631	CG	3	6	7860	7865	0 %	0 %	50 %	50 %	29140550
160	NC_004631	CAG	2	6	7866	7871	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29140550
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163	NC_004631	ATG	2	6	8023	8028	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29140550
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252	NC_004631	CCAT	2	8	12903	12910	25 %	25 %	0 %	50 %	29140555
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258	NC_004631	CTG	2	6	13217	13222	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	29140555
259	NC_004631	GAA	2	6	13244	13249	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29140555
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262	NC_004631	CAG	2	6	13400	13405	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29140555
263	NC_004631	GCA	3	9	13414	13422	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29140555
264	NC_004631	GGCT	2	8	13423	13430	0 %	25 %	50 %	25 %	29140555
265	NC_004631	CCG	2	6	13431	13436	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	29140555
266	NC_004631	GAC	2	6	13463	13468	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29140555
267	NC_004631	GAA	2	6	13487	13492	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29140555
268	NC_004631	A	6	6	13502	13507	100 %	0 %	0 %	0 %	29140555
269	NC_004631	TAC	2	6	13611	13616	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29140556
270	NC_004631	ATC	2	6	13690	13695	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29140556
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272	NC_004631	CGC	2	6	13808	13813	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	29140556
273	NC_004631	GCG	2	6	13834	13839	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	29140556
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275	NC_004631	GGC	2	6	13860	13865	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	29140556
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280	NC_004631	GGA	2	6	14027	14032	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	29140556
281	NC_004631	GCG	2	6	14053	14058	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	29140556
282	NC_004631	CAG	2	6	14142	14147	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29140556
283	NC_004631	CGG	2	6	14254	14259	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	29140556
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299	NC_004631	TCAG	2	8	15249	15256	25 %	25 %	25 %	25 %	29140557
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303	NC_004631	TTA	2	6	15323	15328	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29140557
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380	NC_004631	GAT	2	6	19775	19780	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29140561
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383	NC_004631	CCTGA	2	10	19919	19928	20 %	20 %	20 %	40 %	29140561
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385	NC_004631	A	7	7	23344	23350	100 %	0 %	0 %	0 %	29140564
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390	NC_004631	CTTTT	2	10	23399	23408	0 %	80 %	0 %	20 %	29140564
391	NC_004631	T	6	6	23405	23410	0 %	100 %	0 %	0 %	29140564
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393	NC_004631	TTG	2	6	23458	23463	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29140564
394	NC_004631	TTTA	2	8	23504	23511	25 %	75 %	0 %	0 %	29140564
395	NC_004631	ATG	2	6	23519	23524	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29140564
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